Republica este organizată în 2 unităţi administrative distincte: Federaţia Bosniacă/Croată a Bosniei şi Herţegovina (Federacija Bosna i Hercegovina) şi Republica Srpska (condusă de sârbii bosniaci); şi un district supravegheat internaţional: Brcko (acest district este separat de celelalte 2 unităţi administrative).