Il territorio, che da circa 27 secoli, senza soluzione di continuità, è sede della città come tale, rappresenta il punto centrale di un tratto della costa orientale siciliana significativamente interessato dal fenomeno dell'antropizzazione fin dal IV millennio a.C..
Prova ne sono i villaggi trincerati di età neolitica di Stentinello, di Matrensa e di Ognina, sia a nord che a sud di Siracusa, come gli insediamenti dell'età del bronzo documentati nell'entroterra siracusano e più ancora, i siti del Plemmirio, di Matrensa, Cozzo Pantano e di Thapsos, sedi di insediamenti della media e tarda età del bronzo, nella quale si verificarono intensi e produttivi rapporti commerciali con il mondo miceneo al momento della sua massima espansione nel Mediterraneo occidentale.

Anche Siracusa, nel cuore del suo più antico quartiere, Ortigia, ha rivelato la presenza di frequentazione nell'età del bronzo antico e di sedi abitative, i resti di capanne circolari del XIV sec. a.C., riferibili alla cultura di Thapsos.

Preistoria

Un recentissimo ritrovamento ha restituito a Siracusa la sua prima tomba con materiali micenei e ciprioti del XIV sec. a.C. (in Ortigia le poche altre tombe di quest'epoca, violate e riadoperate in ogni tempo, non hanno purtroppo conservato gli originari corredi).
Questa tomba è stata rinvenuta nella Neapolis, presso l'ara di Ierone II, non lontano dal punto (Viale P. Orsi) in cui solo qualche anno fa è stato rinvenuto il corredo di una tomba del X-IX sec. a.C.

Sono questi materiali le punte di diamante di quella documentazione che ci fa seguire le tappe fondamentali della presenza dell'uomo nel suolo aretuseo in età preistorica.
Ma la ricerca archeologica, in questi ultimi decenni, ha potuto dimostrare che, se in generale questa costa orientale siciliana era ben nota ai Greci prima della fondazione delle colonie, più in particolare in Ortigia esistono degli strati archeologici chiaramente riferibili alla vita degli indigeni, e che ad essi se ne sovrappongono altri che dimostrano i contatti fra indigeni e greci.

La "cacciata" degli indigeni da Siracusa da parte dei Greci (della quale parla Tucidide) non dovette essere violenta: oggi appare, alla luce degli scavi, come frutto di una sostituzione di presenze nel territorio, avvenuta nel corso dell'VIII sec. a.C., quando, secondo la tradizione letteraria, i Corinzi, guidati da Archia, fondarono quella che sarebbe diventata una delle più importanti colonie greche d'Occidente.

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