Nepi costituiva, assieme alla vicina etrusca Sutri, le cosiddette claustra Etruriae, ossia le "porte d'Etruria".
Dopo la conquista di Veio da parte dei Romani (396 a.C.), le truppe di Roma si dirigono alla conquista dell'Italia: Sutri e Nepi sono i primi forti baluardi della coalizione etrusco falisca da abbattere.
Nepi viene conquistata da Furio Camillo subito dopo, non senza perdite e, nel 373 a.C. vi viene fondata una colonia latina: diviene così un punto strategico per la conquista dell'Etruria, una vera e propria "spina nel fianco" degli Etruschi.
Con la concessione della cittadinanza romana avvenuta nel 90 a.C., entra a far parte della nazione romana, divenendone un municipio.
Fondamentale la sua posizione, a controllo della via Amerina, un'importante via che, staccatasi dalla Cassia presso Ad Vacanas, si dirigeva verso la Flaminia, giungendo ad Ameria (oggi Amelia, in provincia di Terni).

Nel VI secolo è contesa tra i Goti, che imperversano con diverse iniziative militari in Italia, e i Bizantini del generale Narsete, inviato dall'imperatore Giustiniano a contrastarli (551).
Nel 568 inizia l'invasione dei Longobardi in Italia, guidati dal re Alboino: la città viene distrutta.
Nell'XI secolo inizia una nuova fase di vita che durerà, ininterrotta, sino ad oggi.
Nel XV secolo entra a far parte del Patrimonio Pontificio.