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Das Klima ist im Hochland subtropisch und im östlichen Amazonasgebiet tropisch. Die Region sind je nach Höhenlage sehr unterschiedlich ausgeprägt und reicht von tropischem Klima in den Urwäldern bis zu arktischem Klima in den Gebirgsregionen der Anden. Der kalte Humboldtstrom vom Pazifischen Ozean beeinflusst die Küstenzonen. Die Regenzeit in von Mai bis November mit Nieselregen und Nebel, in dieser Jahreszeit gibt es auch sehr kühle Nachttemperaturen bis in den Frostbereich. Dagegen sind die Küstengebiete in den dortigen Sommermonaten von Dezember bis März sehr heiß mit Temperaturen bis 39°C.
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