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Tropische Regenwälder ziehen sich über Bereiche der Küstenebene hinweg, jedoch wurden im Laufe der Jahre weite Gebiete durch die Plantagenwirtschaft abgeholzt. In der Sierra herrscht besonders üppige Vegetation, mit Bergwälder. Oberhalb, ab etwa 4.000 m Höhe (Páramo) findet man auch tropische Graslandschaften.
Die bekanntesten Säugetieren in Ecuador sind Bären, Wildkatzen, Otter, Wiesel und Stinktiere, aber auch Reptilienarten wie Krokodile, Eidechsen und Schlangen sind zahlreich vertreten. Der Lebensraum befindet sich in den Anden und Küstenebenen. Ecuador beheimatet auch zahlreiche Vogelarten. Die Galápagosinseln sind durch ihre Echsen und Riesenschildkröten bekannt.
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